Desde el punto de vista filosófico y metodológico, Newton aparece como la antítesis de Galileo. Este había mantenido tajantemente la escisión entre Ciencia y Fe. Aquél se esforzó toda su vida en presentar a la Ciencia como la prueba de la Fe. Galileo (y más aún Descartes) confió de tal modo en el poder de la razón que equiparó el conocimiento intensivo del hombre al divino, mientras que Descartes hacía lo mismo con respecto a la voluntad. Newton, fiel a la esencia del protestantismo, rebajó de tal modo al hombre que lo condenó a vivir en un mundo de imágenes, de sombras, dejando el conocimiento de las cosas mismas para Dios. Por ello, insistió en el carácter empírico e inductivo del conocimiento, frente al racionalismo matematizante continental.